《福建工程学院学报》（双月刊）创刊于1999年，本刊是由福建工程学院主办的以工科为主的综合性学术期刊。主要刊登工程技术与管理、高等工程教育教学研究等方面具有学术性、创新性的论文。其办刊宗旨是“立足八闽，面向全国，弘扬学术，发展教育”，服务学院的教育科研，服务于海峡两岸的经济繁荣。办刊方针是“创新性，科学性，实用性”，注重发扬地域文化特色，注重海峡两岸的工程文化的建筑与发展，注重闽台工程文化的交流。主要目录工程技术理论、工程技术与实践、高等工程教育研讨、闽台建筑文化。
《福建工程学院学报》2006年获首届“福建省高校精品、、特色学报奖； 《CAJ-CD》规范执行期刊； 2009年获“全国高校学报编校质量奖”；获2002年中国高校（高职高专）自然科学学报二等奖。
福建工程学院学报杂志栏目设置工程技术理论、工程技术与实践、高等工程教育研讨、闽台建筑文化
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