《北京联合大学学报(自然科学版)》创刊于1987年，1987-1992年为内部刊物，1993年经科技部和国家新闻出版总署批准国内外公开发行，是由北京联合大学主办的综合性学术理论刊物。2003年6月，《北京联合大学学报》分刊为人文社会科学版(标准刊号ISSN 1672-917/CN11-5117/C，大16开本，96页，季刊) 和自然科学版(标准刊号ISSN 1005-0310/CN11-3224/N，大16开本，96页，季刊)，是由北京联合大学主办的人文社会科学和自然科学综合类学术期刊，两刊的办刊宗旨是：以马列主义、毛泽东思想、邓小平理论、“三个代表”重要思想和科学发展观为指导，坚持“二为”方向，贯彻“双百”方针；发扬学术民主，促进学术研究，交流科研成果；为提高学校教学和科研水平，为我国社会主义现代化建设做贡献。
学报贯彻理论联系实际、为社会主义建设的现实服务的原则，提倡和鼓励综合学科、交叉学科，特别是应用理论学科的研究，主要刊登学校有关学科领域中有较高学术水平或应用价值、有所创新的学术论文、科研报告；国内外学术领域中新动向、新技术、新理论的综述、评介；学校科研成果、学术活动的报道等。
《北京联合大学学报》获第二、三届中国高校特色科技期刊；全国高校科技期刊编辑质量奖；首届中国高校科技期刊网站。
《北京联合大学学报(自然科学版)》现已更名为《北京联合大学学报》。
北京联合大学学报(自然科学版)杂志栏目设置科技发展论坛、生命科学与生物技术、计算机与自动化、应用技术、实验科学与技术、基础学科、现代教育理论与教学改革、专题研究
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